Jenis mikroorganisme berbeda-beda di tiap lokasi, karena setiap tempat memiliki kondisi lingkungan yang unik.
Praktek pertanian alami merupakan praktik memelihara kelestarian sumber daya alam dan lingkungan. Oleh karena itu, setiap tahap dalam praktiknya harus memperhatikan betul kondisi unsur-unsur pendukungnya seperti tanah, tumbuhan dan pupuk/nutrisi. Agar dalam proses mengolah alam tersebut tidak merusak atau membunuh kehidupan lainya.
Dalam pertanian alami kita mengenal bahan yang berperan penting dalam praktiknya. Bahan-bahan tersebut adalah:
A. Mikroorganisme lokal/setempat: Mikroorganisme adalah jamur, bakteri, binatang kecil, dan makhluk hidup lainnya yang berfungsi menyuburkan tanah. Mikroorganisme merupakan unsur utama dalam kesuburan tanah. Contohnya mikroorganisme yang hidup di bawah tumpukan dedaunan rumpun bambu berupa onggokan koloni mikororganisme berwarna putih. Pertanian alami memanfaatkan mikoorganisme di lingkungan setempat seperti itu.
B. Fermentasi jus tanaman (nutrisi tanaman atau nutrisi buah): Buah-buahan atau tanaman yang diekstrak atau diambil sarinya lalu dicampur dengan gula pasir. Jus ini seperti jamu bagi tanaman karena mengandung vitamin-vitamin yang dibutuhkan. Cara sederhana menerapkan bahan ini misalnya, untuk tanaman tomat dapat kita berikan jus fermentasi tomat (nutrisi tomat).
C. Nutrisi rempah/nutrisi rampah: Sama dengan nutrisi buah, tetapi yang difermentasi adalah rempah-rempah, seperti kayu manis, bawang putih, jahe, dan lain-lain. Bahan-bahan ini difermentasi dengan anggur beras dan gula merah.
D. Bakteri asam laktat: Ini merupakan mikroorganisme yang kita peroleh dari air cucian beras dan susu. Air cucian beras dan susu ini kita biarkan sampai menjadi basi selama satu minggu. Cairan yang mengendap di bagian bawah rendaman ini berwarna kuning. Endapan inilah yang mengandung bakteri asam laktat.
C. Asam amino ikan: berasal dari sisa-sisa ikan yang mengandung banyak asam amino. Sisa-sisa ikan yang masih segar kita campur dengan gula coklat, lalu selama 7-10 hari kita fermentasi.
D. Kalsium larut air: Kalsium ini kita buat dari kulit telur yang dihancurkan. Kemudian kulit telur kita sangrai, selanjutnya kita campur dengan air cuka beras merah/coklat dan aduk-aduk. Dapat juga kita tambahkan dengan kulit kepiting.
C. Kalsium fosfat larut air: Kalsium ini berasal dari tulang sapi yang sudah terlebih dahulu direbus, kemudian direndam ke dalam cuka beras coklat/merah.
D. Asam fosfat larut air: Kalsium ini dibuat dari arang tanaman wijen. Lalu masukkan arang tersebut ke dalam air.
E. Air mineral bakteri: Caranya, campur air dengan berbagai nutrisi dan batu-batuan untuk menghasilkan air yang kaya mineral bagi kolam ikan maupun tanaman.
F. Cuka beras coklat/merah: Cuka ini adalah cuka yang dihasilkan dari fermentasi beras merah/coklat. Cuka ini dibutuhkan untuk pertumbuhan dan masa berbuah bagi tanaman.
G. Penarik serangga: Cairan ini beraroma khas bagi serangga, misalnya anggur beras dicampur untuk menarik serangga ke dalam perangkap yang sudah kita sediakan.
H. Air laut: Air dari laut yang dicampurkan dengan berbagai nutrisi.
I. Kompos Campur: Kompos ini kita buat dari campuran bahan-bahan tumbuhan dan hewan. Kemudian kompos ini kita campur lagi dengan humus tanah.
Indigenous Microorganisme
Apa itu Indigenous Microorganism (IMO)? IMO adalah makhluk renik yang dapat dan telah hidup di suatu wilayah selama beberapa waktu. IMO sangat berguna bagi pertanian karena sangat kuat dan efektif. Pertanian Alami menganjurkan penggunaan IMO karena mikroorganisme terbaik adalah yang berasal dari lingkungan setempat, atau mikroorganisme yang kita butuhkan adalah mikroorganisme yang berada di lingkungan kita sendiri.